医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
肿瘤内科建立在协和内科深厚综合能力的基础之上。工作目标是充分利用协和扎实的内科功底，凭借协和多学科强劲的综合实力，为肿瘤患者提供更规范、更先进、更经济、更有效的。
肿瘤内科针对各种实体肿瘤（不包括妇科肿瘤），如肺癌、食道癌、胃癌、结直肠癌、肝癌、胰腺癌、淋巴瘤、乳腺癌、头颈部肿瘤、肾癌、黑色素瘤、男性生殖细胞肿瘤以及软组织肉瘤等开展以下方面的工作：
术后辅助化疗和晚期转移性肿瘤的化疗；生物和分子靶向等综合；与放疗科协作进行化疗和放疗的综合；与手术科室协作进行新辅助化疗(即术前辅助化疗)。
皮肤科多年来坚持三级医师查房及门诊疑难病例会诊等制度，使老协和的优良传统与现代医疗技术相结合，提高了医疗质量，培养出一批高水平临床医生，使广大患者获益。特别是在疑难病例会诊会上，来自皮肤科的老专家老教授、年轻医生和学生，以及兄弟科室、兄弟医院的临床医生、进修生、研究生聚集一堂，带来了他们的疑难病例和临床经验，共同讨论病例、交流临床经验，为解除患者疾苦出谋献策。提高了医疗水平，培养了新人，使皮肤科真正成为国内具有一定影响力的疑难病例会诊中心。同时，皮肤科还开展多种新项目、新疗法，如表皮移植白癜风，PUVA银屑病，308nm准分子激光白癜风，药浴大疱病、药疹和皮肤溃疡，开设包括银屑病、大疱病、硬皮病、中西医结合皮肤科、皮肤肿瘤、面部皮肤病、皮肤美容以及皮肤病等专病门诊，提高了疗效，受到了患者的欢迎。
1. 胰腺疾病疑难病会诊中心简介：胰腺疾病疑难病会诊中心成立于2010年5月（全国早），汇聚我院10大科室，包括基本外科（胰腺组）、消化内科、肿瘤内科、内分泌科、超声科、病理科、放射科、放疗科、核医学科、麻醉科。各专科声誉跻身全国排行榜前列，曾获得国家科学技术进步二等奖，中华医学科技奖二等奖等多项荣誉。
2. 会诊疾病适应证：胰腺肿瘤或胰腺部位病变的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约基本外科（胰腺专业组）或消化内科、肿瘤内科、内分泌科、放疗科等门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周二上午问诊，下午会诊（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；