医院建成于1921年，由洛克菲勒基金会创办。建院之初，就志在“建成亚洲的医学中心”。同时，北京协和医院是洛克菲勒基金会在海外单项拨款数目、时间延续长的慈善援助项目 [8] [16]
2019年12月，中国医学科学院在北京发布了《2018年度中国医院科技量值报告》，北京协和医院科技量值排名位列前3位。 [9]
2017年11月11日下午，复旦大学医院管理研究所正式发布了《2016年度中国医院排行榜》和《2016年度中国医院专科声誉排行榜》，北京协和医院名列榜首 [1] 。2020年4月，被列入北京市面向团体和个人提供新冠病毒核酸检测服务医疗机构名单。 [4]
2022年10月8日，北京协和医院缓和医学中心成立。
北京协和医院风湿免疫科是我国早成立风湿病学的专业科室之一，拥有多位全国知名的专家和教授。风湿免疫科是国家教委风湿病专业全国重点学科。风湿免疫科有一大批教授和知名医师活跃在医教研线，构成了风湿免疫科强大的团队，在国内外享有盛誉。
肿瘤内科参与首都医学发展科研基金项目、“863”基金项目以及“十一五”国家自然科学基金项目等大型研究，在对恶性肿瘤进行的学术攻关中成绩斐然。
多年来，协和肿瘤采用经循证医学证实的方案，结合肿瘤的进展，努力使患者得到、和适宜的。
2018年12月4日消息，被国家卫健委公布为首批肿瘤多学科诊疗试点医院。
1.肝胆恶性肿瘤疑难病会诊中心简介：根据肝癌的不同阶段，通过多学科会诊，给予个体化的综合方案，是提高疗效的关键。我院于2017年5月成立肝胆恶性肿瘤疑难病会诊中心，该中心包括肝脏外科、肿瘤内科、临床营养科、病理科、放疗科及放射科。
2. 会诊疾病适应证：肝胆恶性肿瘤的患者
3. 会诊流程：
①门诊就诊：通过北京协和医院APP，预约肝外科或肿瘤内科、放疗科门诊，符合会诊适应证的患者可由首诊医师在征得患者或家属同意后，开具电子会诊申请单，电子申请单生成后，患者或家属可收到医院发送的短信通知，请您根据短信通知办理相关的手续。
②预约时间：工作日上午8:00-11:30；13:30—17:00；
③预约地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；
④缴会诊费：持患者身份证可在医院收费窗口、自助机或北京协和医院APP上缴费。费用类别为自费，医保不予报销；
⑤会诊时间：周四下午（具体时间由会诊中心安排告知）；
⑥会诊地点：北京协和医院东单院区门诊楼四层疑难病会诊中心；