医院设有皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、肾病科、心身医学科、药学部、妇科、骨科、儿科、肛肠科、康复科、呼吸科、风湿病科等科室。其中，卫生部国家临床重点专科8个（皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学），国家中医药管理局重点专科13个（皮肤科、脾胃病科、针灸中心、心血管科、疮疡外科、肿瘤科、急诊科、护理学、肾病科、心身医学科、药学部、妇科、骨科），北京市中医管理局重点专科5个（儿科、肛肠科、康复科、呼吸科、风湿病科），北京市中医特色诊疗中心7个（中医皮肤科、中医心血管、消化中心、针灸、中医儿科、中医妇科及中医治未病中心）。另外，还设有北京市中医研究所、北京市中药研究所、北京市国际针灸培训中心、北京市赵炳南皮肤病研究中心等。
姓名：张炳厚
职务与职称：主任医师 [6] 、博士生导师
诊治范围：血管神经性、三叉神、风湿及类风湿性关节炎、胆囊炎、胆结石、慢性胃炎、消化性溃疡、急性肾炎、泌尿系感染、带状疱疹、过敏性皮炎、顽固性荨麻疹等。姓名：危北海
职务与职称：主任医师 [6] 、研究生导师【9】
诊治范围：脾胃病、肝胆病、老年消化系统疾病等。
北京中医院医院拥有赵炳南皮肤病研究中心、脾胃病中心、针灸中心、治未病中心及肿瘤医疗中心5个北京市临床中心；设有中医皮科、中医脾胃病科、中医心血管科、中医针灸、中医妇科、中医儿科及中医治未病中心7个北京市中医特色诊疗中心；中医皮肤病、中医脾胃病、中医外科及中医急诊（重症医学）4个国家中医药管理局华北区域诊疗中心。拥有临床科室33个。设有包括捏积、强直性脊柱炎、慢性皮肤溃疡、介入、感冒、抑郁等中医专病门诊，对多种疾病的中医诊疗水平居国内外。医院狠抓学科建设和专科建设，积极开展创名院、建名科、树名医活动。目前，医院拥有国家中医药管理局重点学科8个、北京市重点学科5个；国家临床重点专科8个、国家中医药管理局重点专科13个、北京市中医管理局重点专科14个、北京市国家中医重点专科辐射工程项目首都核心专科6个。
专业擅长
中医养生调理，亚健康调理，体质调理。运用中医传统辩证体系，如：三焦辨证、六经辨证、八纲辨证、卫气营血辨证等思辨体系诊治临床慢性、疑难疾病。
致力于研究“病”的中医“体质”，同时运用中医“三因制宜”理念，因时、因地、因人制定个性化的方案，来达到“病”的完全控制。
致力于研究“过敏性疾病”中医调理，如：过敏性，过敏性鼻炎，过敏性咽炎，过敏性胃肠炎，过敏性湿疹，慢性荨麻疹，过敏性结膜炎等。
擅长中西医结合肺病：疑难的咳、痰、喘、发热类疾病，如西医：难治性、肺癌术后调理，重度慢性阻塞性肺病、反复肺炎、肺间质纤维化、不明原因胸闷、支气管扩张、肺部肿瘤、咳嗽变异性、慢性鼻炎、慢性鼻窦炎、慢性咽炎、返流性食管炎咳嗽、鼻后滴流性咳嗽、肺结节病、睡眠呼吸暂停综合征等。
消化系统疾病中医调理，如：慢性胃炎，返流性食管炎，慢性腹泻，，肠易激综合征等。
杂病中医调理，如：眩晕，，，，水肿，心慌，月经病等。